Daar waar payroll voornamelijk voordelen voor de werkgevers en werknemers met zich meebrengt, gaat dit wel hand in hand met enkele nadelen voor de werknemer. Een voordeel voor een werkgever kan namelijk al snel een nadeel zijn voor de werknemer. In principe zijn er niet heel veel van deze nadelen te vinden voor een werknemer, maar zijn er wel degelijk een paar. De drie belangrijkste zijn:
Plotseling ophouden dienstverband: Het is voor de onderneming die het payrollbedrijf inhuurt vrij gemakkelijk om de payroll overeenkomst te beëindigen. Doordat hier geen reden voor opgegeven kan worden, loop je dus te allen tijden het risico dat dit gebeurt. Het hangt er dan vervolgens vanaf of het payrollbedrijf vervangend werk beschikbaar voor je heeft of dat je uit economisch oogpunt ontslagen wordt. De payroll tarieven kunnen soms wat hoger zijn, dat is dan wel weer een voordeel.- Verschil in secundaire arbeidsvoorwaarden: Er kan een verschil aanwezig zijn tussen de voorwaarden die gelden voor de werknemers die daadwerkelijk in dienst zijn van de onderneming die het payrollbedrijf inhuurt en de werknemers die via het payrollbedrijf ingehuurd zijn. Dit hoeft zeker niet in alle gevallen nadelig te werken, aangezien deze voorwaarden soms zelfs beter zijn voor de payrollmedewerker. Echter is de mogelijkheid er wel degelijk dat de balans nadelig uitvalt.
- Ontbreken bedrijfsgevoel: Doordat een payroll Heerenveen medewerker niet echt onderdeel is van de onderneming door wie hij of zij wordt ingehuurd, zou er een gebrek aan het daadwerkelijke gevoel kunnen zijn dat hij of zij onderdeel uitmaakt van het bedrijf. Dit verschilt sterk per bedrijf, maar in sommige bedrijfsculturen wordt dit sterk gevoeld.